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1、安全性
首先，安全是一个非常重要的问题，这两个系统都有漏洞和潜在的安全问题。很多人说linux安全性高，仁者见仁智者见智了。
其实我觉得这个根本没必要讨论，当linux普及程度达到现在windows的程度，那么linux的漏洞、病毒、木马、后门什么的绝对会如雨后春笋般纷纷冒出，虽不敢说比windows严重，但绝对不会比win少，说白了就是因为现在linux的用户量太少，受关注也太少，做病毒者当然希望自己的作品流传越广越好(现在的病毒更倾向于获取非法利益，比如账号密码什么的)，所以，病毒目前不会考虑少数派的linuxer。
世上没有攻不破的系统、没有穿不透的防火墙，一件事你做不到，只能说明你水平不够，这里适用一句话：道高一尺，魔高一丈。
但就目前来说，如果你对windows下层出不穷的病毒、木马、垃圾感到极度厌恶，那的确可以尝试一下linux噢，尤其是使用dedecms管理系统的站长们。
另外，还有许多管理员声称，Linux比Windows有更多的漏洞，这当然跟它开源有关。不过，如果你有一个好的管理员，安全应该不是一个重大问题，无论您使用的那种操作系统。
2、开源的问题
开源就是指对外部开放软件源代码。
如果一个小程序员写了个软件，里面有他独创的新技术，他想靠这个赚钱，甚至还为此申请了专利，这时某些团体以安全为由，要求他公开源代码(这样就可以仿制了嘛)，并且最好免费给大家使用，身边一群眼红程序员赚钱的人也在跟着起哄。
一个独立商业团体的合法知识产权、资产权益遭受政治强权的公开侵占、迫害，这就是微软在欧洲所面临的开源问题(至于微软是否是奸商，这是另一码事，并不能成为打砸抢、吃大户的理由)。
开源与否，软件厂商有选择的权力;是否购买使用这个产品，这才是用户的权利。
其实想深一点，如果linux不开源，它还能有现在这个市场吗?
因为很多人就是冲着开源才使用linux的。
3、免费与收费
目前，在中国windows和linux都是免费的，至少对个人用户是如此，如果哪天国内windows真的严打盗版了，那linux的春天就到了!但现在linux依然是任重道远，前路漫漫。
在价格方面，Linux和Windows服务器之间有比较明显的差异。
Linux成为流行的Web操作系统之一，主要原因是它相对便宜。
另一方面，Windows则昂贵得多。
4、软件与支持
很多人都说linux怎么这么难用，难用是与windows来对比的，windows是傻瓜类型的，什么人只要能点鼠标就可以使用，但linux有很多事情，还不可以，现在linux桌面越来越友好，有很多也做的非常漂亮，最主要的原因，还是linux下的日常软件比较少，硬件驱动比较少，这很容易理解，linux本质是开源，相信很多商业公司是不喜欢的，看微软能理解了。
windows下可以运行绝大部分软件、玩99%的游戏、硬件厂商近乎100%的支持。linux下可直接运行的软件数量和windows下比起来就是1和99的区别，而且目前选择linux的人基本不会考虑玩游戏(虽然有能在linux下运行的游戏，但实在太少)，同时linux正期待更多硬件厂商的支持。
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