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如果考虑的范围只是微信内置浏览器和手机上的浏览器应用（safari、chrome）的话，差不多有几个不同点吧：
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最突出的差别，前端要注意分享功能！上线之前，每个页面基本都要review一边分享功能是不是完善的。
微信最近提供了新的接口，所以以后会有更多与微信贴合紧密的特性。
html5接口上的差异。safari和chrome的话提供的html5接口会更多，而微信内置浏览器的接口比较少，印象最深的是usermedia。前几天在项目里还发现，微信里固定定位的支持还是不够好，safari在这点上现在好很多了。所以如果想让 web 应用在微信里体验更好一些的话，iscroll类的模块是免不了的。
微信浏览器的兼容性问题，在android上比较明显。印象比较深的是三星的机型上不支持background-size-cover，必须使用-webkit-background-size才行。小米的输入框比较难搞。。。
开发、调试上的问题。android chrome比较好，有远程调试功能。微信里面基本木有办法。遇到棘手的问题，一般会使用modernizr来做特性检测，或者使用远程log工具调试。
第一、运行环境不同
传统的HTML5的运行环境是浏览器，包括webview，而微信小程序的运行环境并非完整的浏览器。
小程序的开发过程中会用到HTML5相关的技术(并非全部)。
第二、开发成本的不同
第三、获取系统级权限的不同
微信小程序相对于HTML5 web应用能获得更多的系统权限，比如网络通信状态、数据缓存能力等，这些系统级权限都可以和微信小程序无缝衔接，也就是官方宣称的拥有Native App的流畅性能，而这一点恰巧是HTML5 web应用经常被诟病的地方，这也是HTML5的大多应用场景被定位在业务逻辑简单、功能单一的原因。
第四、应用在生产环境的运行流畅度
长久以来，当HTML5应用面对复杂的业务逻辑或者丰富的页面交互时，它的体验总是不尽人意，需要不断的对项目优化来提升用户体验。但是由于微信小程序运行环境独立，尽管同样用html+css+js去开发，但配合微信的解析器最终渲染出来的是原生组件的效果，自然体验上将会更进一步。
现在小程序用的就是我们的x5内核。但又不是完全使用。他把wxml翻译成html后，有部分组件还是用的native方式，例如canvas。
要说颠覆的话，我觉得两者都是在颠覆，而小程序不但颠覆了开发方式，还颠覆了分发方式。开发方式上，小程序颠覆了原生的模式，一套wxml，可以跑在安卓ios平台。分发方式上，小程序靠着微信这个大后台，加上安装方便，对app的开发商有巨大的吸引力。开发商终于可以摆脱安卓一堆垃圾应用市场了。
而H5只是一种纯开发方式，没有小程序的后台背景和分发渠道，但H5的开发者前端人员众多，再加上H5也是跨平台（虽然跨的不完美），再加上天生的动态能力，对于一些内容类的app的开发商有巨大吸引力。
要说商机的话，小程序我个人觉得潜力巨大。关键就是背靠微信这个平台，用户在安装的门槛上，比传统app要低的多。这促使app开发商不得不同时也做小程序版。因为你不做，可能别人就抢做了。同样的功能，用户可能更愿意用小程序版的。如果你不做，就把流量分给对手了。
用户在有小程序版后，很可能就把原版app卸载了，特别是对一类功能单一的app，如摩拜单车等。这就导致一个巨大的，潜在的影响，这类app的流量锐减，被分流到小程序里。但小程序的限制非常多，如果不允许弹推荐，没有外链等，安装大小有限制，这类app可能收入反而下降了。但整个市场被规范了。
