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r语言go分析可视化代码,GO分析可视化

【R语言】解决GO富集分析绘图,标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

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☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。

dotplot这个函数,多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道

同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

R语言可视化常用代码

(供自己记录)

adj位置调整

ask询问

bg背景

bty图形边框风格,o四边都有边框,l左边和下边,7右边和上边,c上边、左边和下边,

cex设置点和字符的大小,axis坐标轴上标签字的大小,lab坐标轴上命名的大小,main标题的大小,sub副标题的大小,col颜色。

family字体的风格,

fg前景颜色

font图片字体的风格,字体,粗体,斜体

las坐标轴的运行关系,坐标轴上的字和坐标轴的关系,字会转

lend线的两端的样式

lty线的形式,直线、虚线

lwd线的粗细

Mai、mar、mex画布的大小

Mfcol、mfrow是来切分画布的,放几个fig在画布中,两个功能一样

pch是用来定义点的形状的,有25个形状

srt用来定义图中的文字的角度

Txk坐标轴上的刻度的大小,刻度的字体大小

Xaxt/yaxt不想要坐标轴的标签

Xlog/ylog是x轴和y轴设置为log值

Xpd把绘图区设置为整个画布

Fig表示图形的四个角的位置

New是在图中生成图

[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle

查看GOplot内示例数据的格式,对自己的数据做处理

观察结论:

观察自己的两个数据表:

table.legend 设置为T时会显示表格

本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成,没有用R中的拼图包


标题名称:r语言go分析可视化代码,GO分析可视化
文章源于:http://njwzjz.com/article/hedscc.html