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不需要对源代码混淆。class有这种功能的，在J2ME中混淆是必须的，结果跟你说的一样，不过原理不是你那么走的，混淆以后的class反编译也会让人看不懂，全部变成了a,b,c,d这样的名字。
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光混淆java代码还不够吗？xml就让它明码放那里好了。或者用annotation来配置依赖关系，这样xml少很多。
一、java web项目混淆
proguard4.8工具，说是支持war的，可混淆过后少了classes目录了，自然成功不了。网上搜的过程不详说了，最后找着－－“J2EE-web工程ProGuard代码混淆07_28”，网址：
根据提示一步步完成。
把web项目打成jar包后用proguard进行混淆，然后把混淆过后的class目录替换发布包war中的对应目录，启动运行是正常的。
主要注意利用proguard生成xxx.pro文件，然后手动加工-keep class WebRoot.WEB-INFO.lib.* 等项目中不需要混淆的包和类。
二、java web项目打成.exe
没找到免费的，这搜到个收费的－－Jinstall，试了下功能挺好，
可以加密、集成jdk、tomcat，如果数据库是mysql也集成，其他数据库的话要设置数据库的url.
Jocky的下载和配置
OperaMasks上的下载链接已经失效，请移步CSDN自行搜索下载
1、下载完成后解压得到名为org.apusic.jocky_1.0.3的文件夹，把这个文件夹放到eclipse根目录的plugins文件夹下(myeclipse和eclipse同理)。
2、重启eclipse，右键一个工程文件，出现Jocky选项说明OK。
3、一般是先进行设置-Jocky Settings，然后进行Jocky Now!。以下是settings界面
Enable Jocky多选框选中
Jocky build file是在项目创建一个xml文件，根据里面的配置进行混淆
Scramble level是进行混淆的代码等级，有none、private、package、protected、public、all，将根据设置对java文件中的相应修饰符修饰的方法代码进行混淆
Target VM是java虚拟机的版本，有1.4和1.5，一般选择1.5
Output directory是输出文件夹，在项目根目录下
点击确认会自动根据项目的设置生成xml文件
4、jocky_build.xml，实际上是一个ant build文件，由系统自动生成，有几处需要说明
pathelement location="bin"/ pathelement location="XXX.jar"/这类标签代表项目编译所需的jar包，由于是自动生成一般不用理睬，如果出现找不到相关的package之类的报错，那么有可能是location路径有问题。如果你安装系统时是用户名设置成了中文名，并且使用了maven，maven的jar包的下载路径设置成了默认${user}/.m2/repository/，那么jocky这里的路径会出现问题，中文名的用户名会乱码或者消失，请修改maven配置xml文件修改下载路径localRepository[自己指定的路径]/localRepository 。
javac destdir="${jocky.output.dir}/bin" target="${target}" encoding="UTF-8" 代码中如果有中文名，必须手动设定编码，默认是没有的。
src path="src"/ 设定源文件的目录，因为有时候我们只想输出src目录下的部分包而不是全部。
混淆的工具很多，最常用的为retroguard.
Java 代码编译后生成的 .class 中包含有源代码中的所有信息（不包括注释），尤其是在其中保存有调试信息的时候。所以一个按照正常方式编译的 Java .class 文件可以非常轻易地被反编译。反编译工具有很多种，其中非常强大的一种是 jad。
为了避免出现这种情况，保护开发者的劳动，又有一种叫做 Java 混淆器的工具被开发出来。Java 混淆器的作用是对编译好的代码进行混淆，使得其无法被反编译或者反编译后的代码混乱难懂。Java 混淆器也有很多种，其中比较强大的一种是 RetroGuard（只说比较强大是因为我对其功效还是有些怀疑的）。
这里我介绍一下 RetroGuard 的使用方法。
将下载的 .tar.gz 或者 .zip 文件解压。有用的只有 retroguard.jar 一个文件，其它的是源代码和文档。
RetroGuard 是针对 jar 文件做混淆的。使用之前需要先配置一下。可以手工编辑配置文件，更好的方法是使用 RetroGuard 提供的 GUI 工具来生成配置文件。使用方法如下：
java -classpath retroguard.jar;xxx.jar;yyy.zip;... RGgui
然后在 GUI 的 Wizard 中设置各个参数。上面的 -classpath 中应该列出要混淆的 jar 所依赖的所有的包。
RGgui 的详细使用方法可以看 RetroGuard 的文档 docs.html。
配置文件生成后，就可以运行 RetroGuard 进行混淆了。使用方法如下：
java -classpath xxx.jar;yyy.zip;... RetroGuard vvv-unofb.jar vvv.jar vvv.rgs vvv.log
其中 vvv-unofb.jar 是未混淆的 jar 文件，vvv.jar 是混淆后生成的 jar 文件，vvv.rgs 是配置文件，vvv.log 是日志文件。缺省的配置文件名称为 script.rgs，缺省的日志文件名称为 retroguard.log。
在生成配置文件时需要注意的是：
1、所有 public 的类名、方法名、变量名应该全部保留。因为所有设置为 public 的内容代表了整个包对外表现的接口。若某个内容不想为外界访问，就不应该设置为 public 的。
2、若包中某个类使用了 java.lang.Class 或者 java.lang.ClassLoader 中的某个方法加载了一个类，若这个类在包外，不需要特别处理；若这个类在包内，则需要保留这个类的类名，否则混淆后会找不到这个类。
3、在包中的所有调试信息（源文件名、行号、变量/参数信息等等）应全部删除。
