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RNAmmer为一款专门的rRNA预测工具，该软件所使用的隐马尔科夫模型的训练数据集选用5S rRNA数据库和欧洲rRNA数据库，具有极高的准确率。它既可以用来预测原核生物的5S、16S、23S rRNA，也可以用来预测真核生物的5S、5.8S、18S、28S Rrna，而且是不基于参考序列的从头预测。

rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -xml out.xml -gff out.gff -h out.hmmreport -f out.rRNA.fasta genome.fasta-S    指定输入序列的物种所属的界：古菌arc、细菌bac或真核euk；-m    所需要预测的rRNA种类：'tsu'为5/8s rRNA，'ssu'为16/18s rRNA，'lsu'为23/28s rRNA。如果全部进行预测，则设置为为'tsu,ssu,lsu'；-multi  并行运算，预测正反两条链上所有的rRNA，最多并行运行6个计算，相当于-m lsu,ssu,tsu；-f    生成的rRNA的fasta结果文件名-h    生成的hmm结果报告文件名-gff    生成的rRNA的gff2文件名-xml  生成的xml结果文件名

rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -gff twk.rRNA.gff -f twk.rRNA.fasta -h twk.rRNA.hmmreport new.scaffolds.fasta

在gff和fasta文件中可以看到5S、16S、28S rRNA的预测结果及其序列，如下所示：

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