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要用yum解决依赖的问题，首先你得保证你的yum源是已经配置好了的。可以看 /etc/yum.repos.d下面的文件。如果是默认的源，那么你只需要保证能连接上网络就可以使用了。
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第一步：用Xshell登陆服务器，cd命令进入你要存放R.tar.gz压缩包的路径，如第一张图，我是cd ~/software,进入~/software路径才开始下载R压缩包。然后wget +url（R文件网址）获取R-3.0.0.tar.gz。第二张图是下载完成后截取的。
第二步，先解压R-3.0.0.tar.gz，然后cd R-3.0.0打开R-3.0.0文件夹。接下来两条命令按第一张图所示输入。./configure命令后截取了一张图。
第三步，先make，然后 make install。make命令后出现Error 1和Error 2，我没有弄明白错误原因。往下装
第四步，vim ~/.bash_profile，vim打开此文件后在PATH中修改环境变量PATH=/home/luokai/software/R/bin:$PATH(也就是你mkdir后面的路径）。vim打开文件后有三种模式：一般模式（打开后就是此模式），编辑模式以及命令行模式。在编辑模式下修改PATH后输入:wq（保持后退出）退出vim。关于这三种模式的切换及具体操作可以百度具体了解。
第五步，source ~/.bash_profile,然后R，打开R可以看见一些描述信息。R装好了。
END
R包安装
R运行环境装好后，下载需要的R包，可以用较方便的install.packages命令。这里的dependencies设置为TRUE，可以自动下载你所装包“mpMap”所需要的其他依赖包。
加载R包，用包前需要先加载。有两种加载方法，实现加载的两个函数是：library和require。两者之间存在细微差别，后者会返回一个布尔值（TRUE或FALSE）来表示是否加载成功。
linux下执行jar文件方法：命令行下进入文件目录，执行java -jar file.jar即可，也可在桌面创建一个启动器，在命令栏填写相关的命令：java -jar /file路径/file.jar，这样在桌面双击即可打开该jar文件
创建可执行的 JAR 文件包详解：JAR 文件就是 Java Archive File，顾名思意，它的应用是与 Java 息息相关的，是 Java 的一种文档格式。JAR 文件非常类似 ZIP 文件--准确的说，它就是 ZIP 文件，所以叫它文件包。JAR 文件与 ZIP 文件唯一的区别就是在 JAR 文件的内容中，包含了一个 META-INF/MANIFEST.MF 文件，这个文件是在生成 JAR 文件的时候自动创建的.举个例子，如果我们具有如下目录结构的一些文件：
==
`-- test
`-- Test.class
把它压缩成 ZIP 文件 test.zip，则这个 ZIP 文件的内部目录结构为：
test.zip
`-- test
`-- Test.class
如果我们使用 JDK 的 jar 命令把它打成 JAR 文件包 test.jar，则这个 JAR 文件的内部目录结构为：
test.jar
|-- META-INF
| `-- MANIFEST.MF
`-- test
`--Test.class
创建可执行的 JAR 文件包，需要使用带 cvfm 参数的 jar 命令，同样以上述 test 目录为例，命令如下：jar cvfm test.jar manifest.mf test，这里 test.jar 和 manifest.mf 两个文件，分别是对应的参数 f 和 m，其重头戏在 manifest.mf。因为要创建可执行的 JAR 文件包，光靠指定一个 manifest.mf 文件是不够的，因为 MANIFEST 是 JAR 文件包的特征，可执行的 JAR 文件包和不可执行的 JAR 文件包都包含 MANIFEST。关键在于可执行 JAR 文件包的 MANIFEST，其内容包含了 Main-Class 一项。这在 MANIFEST 中书写格式如下：Main-Class: 可执行主类全名(包含包名)
例如，假设上例中的 Test.class 是属于 test 包的，而且是可执行的类 (定义了 public static void main(String[]) 方法)，那么这个 manifest.mf 可以编辑如下：Main-Class: test.Test ，这个 manifest.mf 可以放在任何位置，也可以是其它的文件名，只需要有 Main-Class: test.Test 一行，且该行以一个回车符结束即可。创建了 manifest.mf 文件之后，我们的目录结构变为：
==
|-- test
| `-- Test.class
`-- manifest.mf
这时候，需要到 test 目录的上级目录中去使用 jar 命令来创建 JAR 文件包。也就是在目录树中使用==表示的那个目录中，使用如下命令：jar cvfm test.jar manifest.mf test
之后在==目录中创建了 test.jar，test.jar 就是执行的 JAR 文件包。运行时只需要使用 java -jar test.jar 命令即可。
需要注意的是，创建的 JAR 文件包中需包含完整的、与 Java 程序包结构对应的目录结构。而 Main-Class 指定的类，也必须是完整的、包含包路径的类名，如上例的 test.Test；而且在没有打成 JAR 文件包之前可以使用 java 来运行这个类，即在上例中 java test.Test 是可以正确运行的 (当然要在 CLASSPATH 正确的情况下)。
在Windows下安装软件时，只需用鼠标双击软件的安装程序，或者用Zip等解压缩软件解压缩即可安装。在Linux下安装软件对初学者来说，难度高于Windows下软件安装。下面我就详细讲解Linux下如何安装软件。 先来看看Linux软件扩展名。软件后缀为.rpm最初是Red Hat Linux提供的一种包封装格式，现在许多Linux发行版本都使用；后缀为.deb是Debain Linux提供的一种包封装格式；后缀为.tar.gz、tar.Z、tar.bz2或.tgz是使用Unix系统打包工具tar打包的；后缀为.bin的一般是一些商业软件。通过扩展名可以了解软件格式，进而了解软件安装。 RPM格式软件包的安装 1.简介 几乎所有的Linux发行版本都使用某种形式的软件包管理安装、更新和卸载软件。与直接从源代码安装相比，软件包管理易于安装和卸载；易于更新已安装的软件包；易于保护配置文件；易于跟踪已安装文件。 RPM全称是Red Hat Package Manager（Red Hat包管理器）。RPM本质上就是一个包，包含可以立即在特定机器体系结构上安装和运行的Linux软件。RPM示意图见图1。 大多数Linux RPM软件包的命名有一定的规律，它遵循名称-版本-修正版-类型－MYsoftware-1.2-1.i386.rpm 。 2.安装RPM包软件 ＃ rpm -ivh MYsoftware-1.2 -1.i386.rpm RPM命令主要参数： -i 安装软件。 -t 测试安装，不是真的安装。 -p 显示安装进度。 -f 忽略任何错误。 -U 升级安装。 -v 检测套件是否正确安装。 这些参数可以同时采用。更多的内容可以参考RPM的命令帮助。 3.卸载软件 ＃ rpm -e 软件名 需要说明的是，上面代码中使用的是软件名，而不是软件包名。例如，要卸载software-1.2.-1.i386.rpm这个包时，应执行： ＃rpm -e software 4.强行卸载RPM包 有时除去一个RPM是不行的，尤其是系统上有别的程序依赖于它的时候。如果执行命令会显示如下错误信息： ＃# rpm -e xsnow error: removing these packages would break dependencies: /usr/X11R6/bin/xsnow is needed by x-amusements-1.0-1 在这种情况下，可以用--force选项重新安装xsnow： # rpm -ivh --force xsnow-1.41-1.i386.rpm 这里推荐使用工具软件Kleandisk，用它可以安全彻底清理掉不再使用的RPM包。 5.安装.src.rpm类型的文件 目前RPM有两种模式，一种是已经过编码的（i386.rpm），一种是未经编码的（src.rpm）。 rpm --rebuild Filename.src.rpm 这时系统会建立一个文件Filenamr.rpm，在/usr/src/redflag/RPMS/子目录下，一般是i386，具体情况和Linux发行版本有关。然后执行下面代码即可： rpm -ivh /usr/src/regflag/RPMS/i386/Filename.rpm 使用deb打包的软件安装 deb是Debian Linux提供的一个包管理器，它与RPM十分类似。但由于RPM出现得早，并且应用广泛，所以在各种版本的Linux中都常见到，而Debian的包管理器dpkg只出现在Debina Linux中。它的优点是不用被严格的依赖性检查所困扰，缺点是只在Debian Linux发行版中才能见到这个包管理工具。 1. 安装 ＃ dpkg -i MYsoftware-1.2.-1.deb 2. 卸载 ＃ dpkg -e MYsoftware 使用源代码进行软件安装和RPM安装方式相比，使用源代码进行软件安装会复杂一些，但是用源代码安装软件是Linux下进行软件安装的重要手段，也是运行Linux的最主要的优势之一。使用源代码安装软件，能按照用户的需要选择定制的安装方式进行安装，而不是仅仅依靠那些在安装包中的预配置的参数选择安装。另外，仍然有一些软件程序只能从源代码处进行安装。 现在有很多地方都提供源代码包，到底在什么地方获得取决于软件的特殊需要。对于那些使用比较普遍的软件，如Sendmail，可以从商业网站处下载源代码软件包（如[url] [/url] ）。一般的软件包，可从开发者的Web站点下载。下面介绍一下安装步骤： 1.解压数据包 源代码软件通常以.tar.gz做为扩展名,也有tar.Z、tar.bz2或.tgz为扩展名的。不同扩展名解压缩命令也不相同，见表1。 2.编译软件 成功解压缩源代码文件后，进入解包的目录。在安装前阅读Readme文件和Install文件。尽管许多源代码文件包都使用基本相同的命令，但是有时在阅读这些文件时能发现一些重要的区别。例如，有些软件包含一个可以安装的安装脚本程序（.sh）。在安装前阅读这些说明文件，有助于安装成功和节约时间。 在安装软件以前要成为root用户。实现这一点通常有两种方式：在另一台终端以root用户登录，或者输入“su”，此时系统会提示输入root用户的密码。输入密码以后，就将一直拥有root用户的权限。如果已经是root用户，那就可以进行下一步。 通常的安装方法是从安装包的目录执行以下命令： gunzip soft1.tar.gz cd soft1 ＃. /configure ＃配置＃ make ＃调用make＃ make install ＃安装源代码＃ 删除安装时产生的临时文件： ＃make clean 卸载软件： ＃make uninstall 有些软件包的源代码编译安装后可以用make uninstall命令卸载。如果不提供此功能，则软件的卸载必须手动删除。由于软件可能将文件分散地安装在系统的多个目录中，往往很难把它删除干净，应该在编译前进行配置。 .bin文件安装 扩展名为.bin文件是二进制的，它也是源程序经编译后得到的机器语言。有一些软件可以发布为以.bin为后缀的安装包，例如，流媒体播放器RealONE。如果安装过RealONE的Windows版的话，那么安装RealONE for Linux版本(文件名：r1p1_linux22_libc6_i386_a1.bin)就非常简单了： ＃chmod +x r1p1_linux22_libc6_i386_a1.bin ./ r1p1_linux22_libc6_i386_a1.bin 接下来选择安装方式，有普通安装和高级安装两种。如果不想改动安装目录，就可选择普通安装，整个安装过程几乎和在Windwos下一样。 .bin文件的卸载，以RealONE for Linux为例，如果采用普通安装方式的话，在用户主目录下会有Real和Realplayer9两个文件夹，把它们删除即可。 Linux绿色软件 Linux也有一些绿色软件，不过不是很多。Linux系统提供一种机制：自动响应软件运行进程的要求,为它设定好可以马上运行的环境。这种机制可以是一种接口，或者是中间件。程序员编写的程序可以直接拷贝分发，不用安装，只要点击程序的图标，访问操作系统提供的接口，设定好就可以工作。若要删除软件，直接删除就可以,不用链接文件。这是最简单的软件安装、卸载方式。 上面介绍了Linux软件安装的方法，对于Linux初学者来说，RPM安装是一个不错的选择。如果想真正掌握Linux系统，源代码安装仍然是Linux下软件安装的重要手段。
麻烦采纳，谢谢!
